Le Ministère des Mines et de l’Energie est composé d’un cabinet ministériel et d’une administration centrale, des services extérieurs et des organismes et institutions placés auprès du ministre ou sous tutelle.
 
Le cabinet du ministre comprend:

• le directeur de cabinet
• le chargé en communication;
• le chargé de mission;
• le chef du secrétariat particulier.

L’administration centrale comprend:

• le secrétariat général(SG)
• les directions à compétences transversales ou d’appui:
  • la direction des affaires administratives et financières(DAAF);
  • la direction des affaires juridiques, de la planification et de suivi évaluation(DAJPSE);
  • la direction de l’informatique et de la communication(DIC).
• les directions opérationnelles:
  • la direction de la recherche géologique(DRG)
  • la direction de l’exploration, du contôle et du développement minier(DECDM);
  • la direction de la recherche et du développement énergétique(DRDE);
  • la direction des laboratoires du ministère des mines et de l’énergie(DLMME)
• les services extérieurs; ces services sont les prolongements déconcentrés, au niveau régional, local, des services centraux.Il s’agit de :
  • la direction régionale des mines et de l’énergie de la région maritime(DRME/RM)
  • la direction régionale des mines et de l’énergie de la région des plateaux(DRME/RP)
  • la direction régionale des mines et de l’énergie de la région centrale(DRME/RC)
  • la direction régionale des mines et de l’énergie de la région de la KARA(DRME/RK)
  • la direction régionale des mines et de l’énergie de la région de la région des savanes(DRME/RS)
• Les organismes et institutions placés auprès du ministre ou sous tutelle:
  • la société nouvelle des phosphates du Togo(SNPT);
  • la communauté électrique du Bénin(CEB);
  • l’autorité de réglementation du secteur de l’électricité(ARSE);
  • la compagnie énergie électrique du Togo(CEET);
  • l’initiative pour la transparence dans les industries extractives(ITIE).